Anime ini bercerita di era dua belas ribu tahun setelah kejadian Genesis of Aquarion. Manusia yang hidup di planet Vega terancam musuh baru dari planet Altair. Di planet Altair , populasi perempuan sangat sedikit karena terkena wabah Curse of Eve. Pasukan planet Altair berusaha untuk menculik para wanita dari planet Vega untuk dibawa ke planetnya. Untuk itulah , planet Vega membentuk sebuah organisasi pertahanan bernama Neo-DEAVA. Setiap anggota organisasi harus bisa mengendarai sebuah mesin robot bernama Aquaria.
Amata Sora , seorang yang menyembunyikan kemampuan hebatnya , bertemu dengan gadis bernama Mikono Suzushiro. Mereka pun akhirnya menjadi teman. Suatu ketika , Mikono berada dalam keadaan bahaya. Amata Sora berusaha melindungi dan menyelamatkan Mikono. Ia tanpa sengaja menggunakan mesin robot legendaris , raksasa Aquarion , bernama Aquarion Evol.